太一とアグモンたちが出会い、
『デジタルワールド』を冒険した夏から
10年以上が過ぎた2010年。

“選ばれし子どもたち”の１人である八神太一は、
大学４年生になった今も将来を決めることができずに悩んでいた。

そんな中、謎のデジモンによって
“選ばれし子ども”の行方不明事件が多発する。

アメリカでデジモン研究を進めているメノアが、
その事件の解決のため
太一たちに力を貸して欲しいとやってきて……。
この事件の裏には一体なにが!?